紫花苜蓿蛋白含量高、產草量高，是牛羊等反芻家畜的優質飼草。紫花苜蓿還能根瘤固氮，培肥地力，顯著降低土壤的鹽堿含量。近年來，隨著測序和基因組組裝技術的發展，已有多個紫花苜蓿基因組被公布，但是僅靠單一參考基因組難以揭示其產量、品質、抗逆性等重要性狀的遺傳機制，影響了相關基因的精準定位以及紫花苜蓿的遺傳改良。 

　　為破解上述難題，研究團隊歷時8年，整合了24份不同遺傳背景的紫花苜蓿種質資源，構建了高質量的泛基因組。利用結構變異-基因組關聯分析，發現了與紫花苜蓿耐鹽性和品質性狀密切相關的關鍵結構變異。通過深入挖掘關鍵候選基因，發現了耐鹽調控相關基因 MsMAP65 和莖葉生長調控關鍵基因 MsGA3ox1 。此外，研究還發現了大量具有重要育種價值的遺傳標記，為紫花苜蓿重要農藝性狀協同改良提供了理論支撐和技術路徑。 

　　該研究得到國家牧草產業技術體系、農業生物育種國家科技重大專項、中國農科院科技創新工程等項目的資助。 

　　原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41588-025-02164-8